Внутрипородная изменчивость свиней крупной Белой породы на основе полиморфизма микросателлитов ДНК

Main Article Content

Сергей ЛУГОВОЙ Сергей КРАМАРЕНКО Вадим ЛИХАЧ

Abstract

The genetic diversity and structure of four populations of Large White breed pigs grown in various breeding farms in Ukraine, using 12 microsatellite DNA loci (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, SW0101, SW936, SW911 and S0228) were studied. When analyzing intra- and inter-group variability, 158 alleles of the 12 analyzed loci were identified. The total number (Na) and effective number (Ae) of alleles varied from 6.25 (Na) and 3.40 (Ae) to 10.25 (Na) and 5.63 (Ae) alleles per locus. The Hardy-Weinberg equilibrium test (HWE) showed that all of the polymorphic loci deviated from HWE (p < 0.05) in at least one population. The Analysis of Molecular Variance (AMOVA) showed that 12.2% of the total genotypic variation was due to differences between populations. Wright’s fixation index (Fst) per locus varied from 0.037 (SW72) to 0.581 (SW911), with a mean value of 0.148 ± 0.049. The mean Fis and Fit values for all loci were 0.163 ± 0.026 and 0.287 ± 0.047, respectively. The positive Fis value for all loci in the studied populations probably reflects the division of the general population in subpopulations due to the inbreeding accumulated in small groups of individuals.


Key words: Pigs; Large White breed; Intrabreed variability; Genetic diversity; DNA microsatellites.


Реферат. В работе приведены результаты анализа генетического разнообразия и структуры четырех популяций свиней крупной белой породы, разводимых в различных племенных хозяйствах Украины, с использованием 12 локусов микросателлитов ДНК (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, SW0101, SW936, SW911 и S0228). При анализе внутри- и межгрупповой изменчивости было идентифицировано 158 аллелей 12 использованных локусов. Абсолютное число аллелей (Na) и эффективное число аллелей (Ae) варьировало от 6,25 (Na) и 3,40 (Ae) до 10,25 (Na) и 5,63 (Ae) аллелей на локус. Результаты проверки на равновесие Харди-Вайнберга свидетельствуют о том, что для всех полиморфных локусов имеет место отклонение от равновесного состояния (p < 0,05) минимум в одной из популяций. Результаты анализа молекулярной вариансы (AMOVA) показывают, что 12,2% общей генотипической изменчивости определяется различиями между популяциями. Коэффициент фиксации Райта (Fst) для различных локусов варьировал от 0,037 (SW72) до 0,581 (SW911), со средним значением – 0,148 ± 0,049. Средние оценки Fis и Fit для всех использованных локусов составляют 0,163 ± 0,026 и 0,287 ± 0,047, соответственно. Положительное значение Fis для всех локусов в исследованных популяциях, вероятно, отражает подразделенность общей популяции на субпопуляции вследствие повышения инбредности в малочисленных группах особей.


Ключевые слова: Свиньи; Крупная белая порода; Внутрипородная изменчивость; Генетическое разнообразие; Микросателлиты ДНК.

Article Details

How to Cite
ЛУГОВОЙ, Сергей; КРАМАРЕНКО, Сергей; ЛИХАЧ, Вадим. Внутрипородная изменчивость свиней крупной Белой породы на основе полиморфизма микросателлитов ДНК. Stiinta agricola, [S.l.], n. 1, p. 94-98, june 2017. ISSN 2587-3202. Available at: <http://sa.uasm.md/index.php/sa/article/view/541>. Date accessed: 23 sep. 2017.
Section
Table of contents

References

1. ВЕЙР, Б. (1995). Анализ генетических данных: Дискретные генетические признаки. Москва. 400 с. ISBN 5-03-002795-5.
2. ЗИНОВЬЕВА, Н.А. и др. (1998). Методические рекомендации по использованию метода полимеразной цепной реакции в животноводстве. Дубровицы. 47 с.
3. ЗИНОВЬЕВА, Н.А. и др. (2012). Оценка вклада различных популяций в генетическое разнообразие свиней корня крупной белой породы. В: Сельскохозяйственная биология, № 6, с. 35-42. ISSN 0131-6397.
4. ЛУГОВИЙ, С.І. (2013а). Оцінка внутрішньопородної мінливості української м’ясної породи свиней за локусами мікросателітів ДНК. В: Збірник наукових праць Вінницького НАУ. Серія: Сільськогосподарські науки, вип. 2 (72), с. 109-114. ISSN 2306-7799.
5. ЛУГОВИЙ, С.І. (2013б). Оцінка внутрішньопородної мінливості свиней породи дюрок за локусами мікросателітів ДНК. В: Вісник Житомирського національного агроекологічного університету, вип. № 1 (35), т. 2, с. 105-113. ISSN 2310-9262.
6. ЛУГОВОЙ, С.И. (2013). Характеристика генофонда мясных пород свиней украинского происхождения по локусам микросателлитов ДНК. В: Вестник Казанского ГАУ, вып. 2 (28), с. 126-129. ISSN 2073-0462.
7. ТОПИХА, В.С., ЛУГОВОЙ, С.И., КРАМАРЕНКО, С.С. (2010). Анализ генетического разнообразия свиней крупной белой породы на основе мультилокусных генотипов микросателлитов. В: Вісник аграрної науки Причорномор’я, вип. 1 (52), т. 2, с. 3-11. ISSN 2313-092X
8. NIDUP, K., MORAN, C. (2011). Genetic diversity of domestic pigs as revealed by microsatellites: a minireview. In: Genomics and Quantitative Genetics, vol. 2, pp. 5-18. ISSN 2157-9903.
9. PEAKALL, R., SMOUSE, P. (2006). GENAIEX 6: genetic analysis in Excel: Population genetic software for teaching and research. In: Molecular Ecology Notes, ą 6, pp. 288-295. ISSN 1755-0998.
10. TRASPOV, Ŕ. et al. (2016). Population structure and genome characterization of local pig breeds in Russia, Belorussia, Kazakhstan and Ukraine. In: Genetics Selection Evolution, vol. 48, nr 16, pp. 1-9. ISSN 1297-9686.